विश्लेषणात्मक और अनुवादक जीनोमिक्स
एनालिटिकल एंड ट्रांसलेशनल जीनोमिक्स (ATG) साझा संसाधन UNM कॉम्प्रिहेंसिव कैंसर सेंटर के सदस्यों और UNM तथा संबद्ध संस्थानों के अन्य लोगों को उच्च थ्रूपुट अनुक्रमण और अन्य जीनोमिक्स सेवाएँ प्रदान करता है। हमारी सेवाएँ अगली पीढ़ी के अनुक्रमण पर केंद्रित हैं, जिसमें जीनोम-व्यापी जानकारी उत्पन्न करने के लिए सिंगुलर जीनोमिक्स G4 सीक्वेंसर का उपयोग किया जाता है। इन विधियों में स्थानिक एकल-कोशिका जीनोमिक्स परख, एकल-कोशिका RNA-seq, नियमित 'बल्क' RNA-seq, लक्षित DNA अनुक्रमण, संपूर्ण एक्सोम अनुक्रमण, ChIP-seq, और अन्य परख शामिल हैं। ये परख जीवित या जमे हुए कोशिकाओं या ऊतक और FFPE जैसे अभिलेखीय नमूनों का उपयोग करके किए जा सकते हैं।
साझा संसाधन को UNM व्यापक कैंसर केंद्र द्वारा CCSG कोर अनुदान P30CA118100 और अतिरिक्त धन के साथ-साथ NM राज्य और उपयोगकर्ता शुल्क से प्राप्त धन के माध्यम से वित्त पोषित किया जाता है।
सर्वोत्तम संभव प्रयोग करने तथा उत्पन्न आंकड़ों की गुणवत्ता को अनुकूलित करने में उपयोगकर्ताओं की सहायता के लिए जानकार कर्मचारी परामर्श के लिए उपलब्ध हैं।
संकाय निदेशक
विश्वनाथन पलानीसामी, पीएचडी
शिक्षक, आंतरिक चिकित्सा/आणविक चिकित्सा
टेलीफ़ोन:(505) 272-0652
तकनीकी निदेशक / जैव सूचना विज्ञान
कैथरीन (चार्ली) ब्रेयर, पीएचडी; | सीआरएफ G22A
वरिष्ठ तकनीकी कर्मचारी
केल कुक | सीआरएफ 118, टेलीफोन: (505) 272-5564
मैग्डेलेना (मैगी) साइफेरी | सीआरएफ 119, टेलीफोन: (505) 272-5564
ओलुफुनमिलोला (फन्मी) ओयेबामिजी | सीआरएफ ग्राउंड फ्लोर
विश्लेषणात्मक और अनुवादक जीनोमिक्स
एटीजी न्यू मैक्सिको विश्वविद्यालय (यूएनएम) और इसके संबंधित संस्थानों के सभी शोधकर्ताओं के लिए सुलभ है। फिर भी, आपके लिए P30CA118100 के लिए एक उद्धरण प्रदान करना और डेटा तैयार करने के लिए उपयोग किए गए अन्य UNMCCC साझा संसाधनों के साथ-साथ ATG का भी उल्लेख करना आवश्यक है।
हमारे योगदान को श्रेय देने के लिए, हम आपसे विनम्र अनुरोध करते हैं कि आप अपनी पांडुलिपियों के आभार अनुभाग में निम्नलिखित पंक्ति शामिल करें:
इस अध्ययन को यूएनएम कॉम्प्रिहेंसिव कैंसर सेंटर सपोर्ट ग्रांट एनसीआई पी30सीए118100 से आंशिक वित्त पोषण प्राप्त हुआ और विश्लेषणात्मक और अनुवादात्मक जीनोमिक्स साझा संसाधन का उपयोग किया गया.
विश्लेषणात्मक और अनुवादात्मक जीनोमिक्स संसाधन विभिन्न शोध प्रश्नों को संबोधित करने के लिए नवीनतम परख और प्रौद्योगिकी पर अद्यतित रहता है। यदि कोई ऐसा आवेदन है जिसमें आपकी रुचि है लेकिन वह इस वेबसाइट पर नहीं मिल रहा है, तो कृपया बेझिझक पूछताछ करें।
एटीजी का प्राथमिक फोकस शोधकर्ताओं को जैविक स्थितियों को समझने में सहायता करने के लिए उन्नत अनुक्रमण तकनीक प्रदान करना है। हमारी सेवाओं में स्थानिक और एकल-कोशिका जीनोमिक परख, बल्क आरएनए-सीक, संपूर्ण जीनोम अनुक्रमण, लक्षित जीन पैनल अनुक्रमण और क्रोमेटिन अवस्था परख जैसे चिप-सीक और एटीएसी-सीक शामिल हैं। हम विशेषज्ञ जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण भी प्रदान करते हैं। ATG साझा संसाधन UNM और इसके संबद्ध संस्थानों के सभी संकाय सदस्यों के लिए सुलभ है। हम जांचकर्ताओं से दृढ़ता से आग्रह करते हैं कि वे हमसे संपर्क करें ताकि पता लगाया जा सके कि हम उनके शोध में कैसे सहायता कर सकते हैं और उनके लक्ष्यों को पूरा करने के लिए सबसे उपयुक्त परख की पहचान कर सकते हैं।
स्थानिक जीनोमिक्स ऊतक की 3D संरचना के संदर्भ में ट्रांसक्रिप्टोम की जांच करें। 10X विज़ियम, विज़ियम एचडी और ज़ीनियम इन सीटू परख ऊतकों और एकल कोशिकाओं के भीतर ट्रांसक्रिप्ट के स्थानों को सटीक रूप से निर्धारित कर सकते हैं। यह पड़ोसी कोशिकाओं के संबंध में जीन अभिव्यक्ति विश्लेषण को सक्षम बनाता है, जिससे उप-संरचनाओं, अंतरकोशिकीय संचार और नेटवर्किंग की गहरी समझ की सुविधा मिलती है।
एकल-कोशिका परख शोधकर्ताओं को व्यक्तिगत कोशिकाओं के स्तर पर ट्रांसक्रिप्टोम और एपिजेनेटिक्स का मूल्यांकन करने में सक्षम बनाता है। ATG अत्याधुनिक एकल-कोशिका अनुक्रमण प्रदान करने के लिए 10x जीनोमिक्स क्रोमियम प्लेटफ़ॉर्म का उपयोग करता है। विभिन्न परीक्षणों को बहु-ओमिक दृष्टिकोण में जोड़ा जा सकता है, जिससे एक ही नमूने का विभिन्न तरीकों से विश्लेषण किया जा सकता है। स्रोत सामग्री में जीवित कोशिकाएँ, पृथक नाभिक या स्थिर नमूने शामिल हो सकते हैं। स्थिर नमूनों के उपयोग से संग्रहीत सामग्री को शामिल करने की अनुमति मिलती है।
प्रतिरक्षा कोशिका प्रोफाइलिंग इसमें प्रतिरक्षा कोशिका विविधता का विश्लेषण शामिल है, जिसे ट्रांसक्रिप्टोमिक परीक्षणों के साथ जोड़ा जा सकता है।
बल्क जीनोमिक्स अनुक्रमण परियोजनाओं को संदर्भित करता है जो नमूनों का समग्र रूप से विश्लेषण करते हैं और एकल कोशिकाओं या स्थानिक जानकारी के विश्लेषण की आवश्यकता नहीं होती है। इन तकनीकों के कुछ उदाहरण हैं RNA-seq, ChIP-seq, संपूर्ण एक्सोम अनुक्रमण (WES), और संपूर्ण जीनोम अनुक्रमण (WGS)।
लंबे समय तक पढ़ने का अनुक्रम शोधकर्ताओं को नमूने के भीतर आइसोफॉर्म के उपयोग की जांच करने में सक्षम बनाता है। जबकि हमारे पास एक लंबा रीड सीक्वेंसर नहीं है, हम नैनोपोर टेक्नोलॉजीज से मिनियन का उपयोग करके कुछ अप्रतिबंधित रीड लंबाई (अधिकतम लंबाई> 4 एमबी) प्रदान कर सकते हैं।
जैव सूचना विज्ञान डेटा विश्लेषण: एटीजी शेयर्ड रिसोर्स स्टाफ जीन अभिव्यक्ति और जीनोटाइपिंग डेटा की जांच करने के लिए उन्नत डेटा विश्लेषण तकनीकों का उपयोग करता है। हमारा लक्ष्य अपने उपयोगकर्ताओं को उनके लेखों या अनुदान आवेदनों में प्रकाशन के लिए उपयुक्त उच्च-गुणवत्ता वाले आंकड़े प्रदान करना है। वर्तमान में, हम जीनोमिक्स तकनीकों द्वारा उत्पादित व्यापक और जटिल डेटा सेट का विश्लेषण करने के लिए आर/बायोकंडक्टर सॉफ़्टवेयर पैकेज का उपयोग करते हैं।
एटीजी निम्नलिखित प्रकार से अनुक्रमित हो सकता है:
- उत्परिवर्तन या जीन वेरिएंट का पता लगानाइसमें ट्यूमर में आनुवंशिक उत्परिवर्तन के स्तर का आकलन करना, किसी विशेष कैंसर या बीमारी में विशिष्ट आनुवंशिक विविधताओं का विश्लेषण करना, या यह मूल्यांकन करना शामिल हो सकता है कि चोट या उपचार के बाद कोशिकाएँ डीएनए क्षति पर कैसे प्रतिक्रिया करती हैं। आमतौर पर, यह कैंसर या कुछ बीमारियों से जुड़े जीन का विश्लेषण करने के लिए लक्षित जीन पैनल अनुक्रमण का उपयोग करके प्राप्त किया जाता है।
- जीन अभिव्यक्ति अध्ययनकोशिकाओं, ऊतकों, अंगों या रोगी के नमूनों की ट्रांसक्रिप्शनल प्रोफाइलिंग, या तो व्यक्तिगत कोशिकाओं के रूप में या बड़ी मात्रा में।
- क्रोमेटिन अवस्था विश्लेषण परीक्षणों की एक श्रृंखलाडीएनए मिथाइलेशन अध्ययन से लेकर एटीएसी परख से लेकर चिप-सीक तक, सभी उपलब्ध हैं।
- गैर-कोडिंग आरएनए का अध्ययन जैसे एनसीआरएनए, लिनसीआरएनए और एमआईआरएनएएस।
कृपया केल कुक से संपर्क करें (kelcook@salud.unm.edu) या कैथरीन ब्रेयर (kbrayer@salud.unm.edu) पर परामर्श हेतु समय निर्धारित करें।
एटीजी उपयोग आईलैब बिलिंग के लिए.
से संबंधित प्रश्नों के लिए आईलैब्स या साझा संसाधन में उपयोग के लिए खाता/पीआर सेट-अप के लिए, कृपया ईमेल करें पलाक्षी रेड्डी बंदापल्ली या 505 272 4539 कॉल.
जीनोमिक्स उपकरण
जी4 सीक्वेंसर
- लचीला और तेज़ युग्मित-अंत अनुक्रमक
- 1.6 घंटे में 2 बिलियन 150 x 24 bp रीड्स तक उत्पादन करने में सक्षम
- विभिन्न प्रकार की पठन लम्बाई के लिए कॉन्फ़िगर किया जा सकता है
- लगभग सभी पुस्तकालयों के साथ संगत जिन्हें इल्युमिना उपकरणों पर अनुक्रमित किया जा सकता है।
अधिक जानकारी के लिए: https://singulargenomics.com/g4/
10x जीनोमिक्स क्रोमियम iX
- एकल-कोशिका अनुक्रमण के लिए कोशिकाओं या नाभिकों का विभाजन
- आरएनए, प्रोटीन और/या क्रोमेटिन को कैप्चर करता है
- जीन अभिव्यक्ति, प्रतिरक्षा कोशिका प्रदर्शन, क्रोमेटिन पहुंच, CRISPR गड़बड़ी का परीक्षण
- इनपुट परख के अनुसार अलग-अलग होते हैं, लेकिन इसमें जीवित कोशिका निलंबन, नाभिक, स्थिर कोशिकाएँ, जमे हुए ऊतक और FFPE ब्लॉक शामिल होते हैं। प्रजाति अज्ञेय परख उपलब्ध हैं
अधिक जानकारी के लिए: https://www.10xgenomics.com/instruments/chromium-x-series
10x जीनोमिक्स ज़ीनियम विश्लेषक
- स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स इमेजिंग प्लेटफ़ॉर्म
- उप-कोशिकीय संकल्प
- 5,000 जीन तक कैप्चर करने में सक्षम
- कई पूर्व-डिज़ाइन किए गए जीन पैनल जिन्हें आगे भी अनुकूलित किया जा सकता है (https://www.10xgenomics.com/products/xenium-panels)
अधिक जानकारी के लिए: https://www.10xgenomics.com/platforms/xenium
10x जीनोमिक्स साइटअसिस्ट
- विज़ियम और विज़ियम एचडी स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक्स परख को सुविधाजनक बनाता है
- एफएफपीई ब्लॉक या पहले से कटे हुए एफएफपीई और ताजा जमे हुए खंडों से शुरू करें
- एच एंड ई या इम्यूनोफ्लोरेसेंस दाग वाले वर्गों के साथ संगत
अधिक जानकारी के लिए: https://www.10xgenomics.com/instruments/visium-cytassist
- एजिलेंट बायोएनालाइजरन्यूनतम इनपुट का उपयोग करके डीएनए और आरएनए की गुणवत्ता/मात्रा का विश्लेषण करें।https://www.agilent.com/en/product/automated-electrophoresis/bioanalyzer-systems/bioanalyzer-instrument)
- क्यूबिट II फ्लोरोमीटर: डीएनए और आरएनए परिमाणीकरण.
- इन्विट्रोजेन काउंटेस II FL: कोशिकाओं की गणना करें और नमूने में जीवित कोशिकाओं के अनुपात को निर्धारित करें।
- मिल्टेन्यी बायोटेक सौम्य MACS ऑक्टो डिसोसिएटर हीटर के साथएकल-कोशिका अनुक्रमण से पहले ऊतक के नमूनों को अलग करें।
- क्यूइजेन EZ2स्वचालित डीएनए और आरएनए निष्कर्षण।
यूएनएम समुदाय के योग्य और प्रशिक्षित सदस्यों द्वारा उपयोग के लिए चुनिंदा उपकरण उपलब्ध हैं। साझा उपकरण नियमित कार्य घंटों के दौरान और अन्य समय पर विशेष व्यवस्था द्वारा उपलब्ध हैं। परख और मूल्य निर्धारण के बारे में अधिक जानकारी के लिए कृपया ATG सुविधा कर्मचारियों से संपर्क करें।
एटीजी अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न
एटीजी साझा संसाधन से अगली पीढ़ी की अनुक्रमण (एनजीएस) सेवाओं के उपयोग पर विचार करने वाले शोधकर्ताओं के लिए ये दिशानिर्देश हैं। सभी शोधकर्ताओं से नमूने तैयार करने या उनका विश्लेषण करने से पहले एटीजी कर्मचारियों से परामर्श करने का आग्रह किया जाता है। हम प्रयोगात्मक डिजाइन में सहायता कर सकते हैं और, यदि आवश्यक हो, तो आपको विशेषज्ञ जैव सांख्यिकीविदों के संपर्क में रख सकते हैं जो प्रयोगात्मक डिजाइन में मदद कर सकते हैं। एनजीएस प्रयोग शुरू करने से पहले प्रायोगिक डिजाइन पर विचार करना बहुत जरूरी है, जो काफी महंगा हो सकता है।
बल्क आरएनए-सीक को आरएनए की न्यूनतम मात्रा, यानी 1 एनजी एमआरएनए के साथ सफलतापूर्वक किया जा सकता है। एटीजी एजिलेंट बायोएनालाइजर का उपयोग करके आरएनए प्राप्त करने पर उनकी अखंडता (आरआईएन) की जांच करता है। आरएनए-सीक के लिए सुझाए गए इनपुट उच्च गुणवत्ता वाले आरएनए के लिए कुल आरएनए के 150 एनजी और खराब आरएनए (जैसे एफएफपीई आरएनए) के लिए 250 एनजी हैं। फिर अवांछित आरआरएनए को हटाने के लिए आरएनए को रिबोडेप्लेट किया जाता है, जो कोशिकाओं में आरएनए का लगभग 90% हिस्सा बनाता है।
एनजीएस प्रयोग महंगे हो सकते हैं, और लागत परीक्षण के आधार पर अलग-अलग हो सकती है। इसके अतिरिक्त, कुल लागत लाइब्रेरी बनाने के लिए इस्तेमाल की जा रही किट और आवश्यक अनुक्रमण गहराई पर निर्भर करती है। अधिक जानकारी प्राप्त करने और कोटेशन प्राप्त करने के लिए कृपया कर्मचारियों से संपर्क करें।
एनजीएस परख व्यापक, जटिल डेटा सेट तैयार करती है जिसमें बहुत अधिक जानकारी होती है लेकिन उसका विश्लेषण करना चुनौतीपूर्ण भी हो सकता है। एटीजी साझा संसाधन विश्लेषण का पहला स्तर प्रदान करता है, जिसमें गुणवत्ता नियंत्रण मापदंडों का विश्लेषण, उचित जीनोम के लिए रीड्स का संरेखण, अनुक्रम वेरिएंट या फीचर काउंट की पहचान करना, उचित रूप से शामिल है।
ATG शेयर्ड रिसोर्स में बायोइन्फॉर्मेटिक्स विशेषज्ञों की एक टीम है जो प्रारंभिक डेटा विश्लेषण करेगी और जो डेटा का प्रबंधन और बैकअप करेगी। वे सबसे सरल प्रकार के विश्लेषण कर सकते हैं (जैसे RNA-seq से जीन अभिव्यक्ति)। अधिक गहन विश्लेषण, जैसे कि रोगी की जानकारी के साथ परिणामों को सहसंबंधित करना, बायोइन्फॉर्मेटिक्स शेयर्ड रिसोर्स या बायोस्टैटिस्टिक्स शेयर्ड रिसोर्स से इनपुट के साथ किया जाना चाहिए। ATG स्टाफ उचित विशेषज्ञों के साथ बातचीत स्थापित करने में मदद कर सकता है, जिन्हें प्रयोगात्मक डिजाइन और गुणवत्ता नियंत्रण में मदद करने के लिए शुरुआत से ही शामिल किया जाना चाहिए। कृपया अपने विश्लेषण की ज़रूरतों पर स्टाफ़ के सदस्यों से चर्चा करें।
सत्यापन प्रत्येक NGS प्रयोग का एक अभिन्न अंग है, और प्रयोग के प्रकार के आधार पर आवश्यकताएँ अलग-अलग होती हैं। NGS परिणामों के सत्यापन के विकल्पों पर चर्चा करने के लिए कृपया ATG कर्मचारियों से संपर्क करें।
सुविधा निदेशक, विश्वनाथन पलानीसामी, पीएच.डी., अनुदान आवेदनों में एटीजी साझा संसाधन और संभावित एनजीएस प्रयोगों का वर्णन करने के बारे में समर्थन पत्र और सलाह प्रदान कर सकते हैं। डॉ. पलानीसामी ने कई एनआईएच, एसीएस और डीओडी अध्ययन खंडों में काम किया है और एनजीएस प्रयोगों सहित कई अनुदान आवेदनों की समीक्षा की है। उनके स्वयं के वित्तपोषित अनुदानों में एनजीएस प्रयोग शामिल हैं। वह एनजीएस प्रयोगों के बारे में आपके अनुदान के अनुभागों को लिखने में मदद कर सकते हैं और संभावित नुकसान और बचने वाली चीजों को इंगित कर सकते हैं।
एनजीएस प्रयोग की आलोचना करने का सबसे आसान तरीका यह है कि इसे मछली पकड़ने के अभियान के रूप में वर्णित किया जाए। यहां कुछ चीजें हैं जिनसे आपको निश्चित रूप से बचना चाहिए।
- उन जीनों की विशेषता बताने का प्रस्ताव न रखें जिन्हें आपने अभी तक पहचाना नहीं है। यदि आपके पास कोई प्रारंभिक डेटा नहीं है, तो आप नहीं जानते कि आपको कौन से जीन या कितने जीन मिलेंगे। हालाँकि, उनकी संख्या सैकड़ों में होगी। केवल यह कहना कि आप अध्ययन के लिए कुछ दिलचस्प जीन चुनेंगे, आपके अनुदान पर खराब स्कोर पाने का एक त्वरित तरीका है। यदि संभव हो, तो आपके प्रयोग को एक परिकल्पना का परीक्षण करना चाहिए। उदाहरण के लिए, आप यह परिकल्पना कर सकते हैं कि कुछ जीन (जैसे एपोप्टोसिस जीन) प्रेरित होंगे। फिर आप इसका परीक्षण करने के लिए NGS परख का उपयोग करने का प्रस्ताव कर सकते हैं (और बैक-अप दृष्टिकोण के रूप में वास्तविक समय पीसीआर का प्रस्ताव कर सकते हैं)। इस तरह आप एक परिकल्पना का परीक्षण कर सकते हैं, अपेक्षित परिणाम और नियंत्रण (जैसे कि जीन जो ऊपर और नीचे जाना चाहिए) प्रस्तावित कर सकते हैं, जो NGS प्रयोग (या किसी अन्य प्रयोग) को करने का एक बेहतर तरीका है। केवल जीन के लिए मछली पकड़ना एक बुरा दृष्टिकोण है और हमेशा समीक्षा समिति की नाराजगी का कारण बनता है।
- केवल यह कहना कि आप डेटा का विश्लेषण करने या जीन को मार्गों में समूहित करने के लिए किसी सॉफ़्टवेयर प्रोग्राम का उपयोग करेंगे, आपको परेशानी में डाल देगा। NGS डेटा अत्यंत जटिल हो सकता है, और विश्लेषण के लिए सांख्यिकीय विधियों की आवश्यकता होगी। ज्ञात मार्ग डेटा दुखद रूप से अपूर्ण है। वैसे भी अधिकांश जीन मार्गों में नहीं होते हैं। डेटा का विश्लेषण करने के लिए आपको एक सुनियोजित दृष्टिकोण की आवश्यकता होगी। आपके पास यह बताने का एक तरीका होना चाहिए कि प्रयोग सफल हुआ या नहीं (उदाहरण के लिए क्या अपेक्षित एपोप्टोसिस जीन सक्रिय हुए?)।
- NGS प्रयोग आपके किसी एक उद्देश्य के अंत में केवल एक अनुच्छेद नहीं होना चाहिए। आप जो कुछ भी करते हैं, अनुदान आवेदन के अंत में एक एनजीएस प्रयोग बिल्कुल न जोड़ें जैसा कि आप "भी करेंगे"। एनजीएस प्रयोग बड़े, महंगे और जटिल हैं और उन्हें बाद में सोचकर नहीं किया जा सकता है। कई, कई अनुदानों में एनजीएस प्रयोग का एक-पैरा विवरण होता है जो शोधकर्ता भी करेंगे। यह समीक्षकों की आलोचना के लिए बिजली की छड़ी है।
- यदि आप जीन की तलाश में हैं, तो आपको किसी कारण से उनकी तलाश करनी चाहिए। उनके साथ कुछ करने का प्रस्ताव किए बिना विनियमित जीन की तलाश करने का प्रस्ताव न करें। ऊपर और नीचे जाने वाले जीनों को खोजना एक महत्वपूर्ण पर्याप्त लक्ष्य नहीं है। आपको किसी उद्देश्य को ध्यान में रखते हुए जीन की तलाश करने की आवश्यकता है (उदाहरण के लिए कुछ परिकल्पना का परीक्षण किया जाना है)।